O SINASEFE é um Sindicato Nacional que tem na sua autonomia financeira uma das suas principais características, sendo os seus sindicalizados os únicos responsáveis pela existência e pela manutenção da Entidade. Estes sindicalizados organizam-se por meio das Seções Sindicais, que repassam à Direção Nacional do SINASEFE 20% do que é arrecadado em cada Instituição Federal de Ensino ligada à Base do SINASEFE, com contribuição/filiação voluntária.
